• 热线电话:010-56107385

联系方式

地 址:北京市昌平区北清路生命科学园博雅CC -9号楼2层
电 话:010-56107385
传 真:
邮 箱:support@ori-gene.cn

RRBS

您现在的位置:首页 > 科研服务 > 表观遗传领域 > RRBS

RRBS简化甲基化测序

产品描述信息

        Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) 是一种准确、高效、经济的DNA甲基化研究方法,通过酶切富集启动子及CpG岛区域,并进行Bisulfite测序,同时实现DNA甲基化状态检测的高分辨率和测序数据的高利用率。
     DNA甲基化研究一直是疾病研究的热点,与基因表达、表型性状息息相关。RRBS作为一种高性价比的甲基化研究方法,在大规模临床样本的研究中具有广泛的应用前景。利用RRBS可以实现多个样本的比对基因组分析。 

产品详细信息

       通过酶切、富集启动子(promoter)及CpG岛区域的DNA片段,进行重亚硫酸盐测序,以同时实现DNA甲基化状态检测的高分辨率和测序数据的高利用率。

1、精确度高:在其覆盖范围内可达到单碱基分辨率;

2、重复性好:多样本的覆盖区域重复性可达到85%-95%,适用于多样本间的差异分析;

3、检测范围广:覆盖全基因组范围内超过5百万个CpG位点;

4、性价比高:测序区域更有针对性,数据利用率更高。

1、样品类型:基因组DNA

2、样品浓度:≥100ng/µl

3、样品总量:≥10ug

4、纯度:OD260/280 = 1.8~2.0

5、样品完整性:DNA无明显降解与蛋白污染,需提供凝胶电泳检测胶图;

6、适用物种:人、大鼠和小鼠。

   

Genome Research:简化甲基化测序揭示不同人类细胞与组织中动态的DNA甲基化现象

       82个人类细胞系和组织样本(分别为肿瘤细胞系、正常组织、原代细胞系(primary cell lines)和血液白细胞)进行了RRBS测序,分析结果显示:每个样本中,有5%-15%CpGs完全甲基化了PM≧90),65%-80%CpGs没有甲基化(PM≦10)。通过对不同类型样本中检测到的CpGs进行分类和统计,发现在细胞系和正常组织中,只有4%27053个)的CpGs没有甲基化( PM≦10 ),而且这些CpGs均位于管家基因(housekeeping genes)的转录起始位点附近;剩余的670000CpGs表现出了不同程度的甲基化。通过对不同类型细胞进行单碱基精度甲基化水平的研究,分别构建了不同类型细胞基于差异甲基化表达所产生的表观遗传水平变化模型。

图1 甲基化聚类程序分析结果

图2 启动子NANOG甲基化

[1] Katherine E. Varley, Jason Gertz, Kevin M. Bowling , et al. Dynamic DNA methylation across diverse human cell lines and tissues. Genome Research, January 2013.

[2]Wang L, Sun J, Wu H, et al. Systematic assessment of reduced representation bisulfate sequencing to human blood sample: A promising method for large-sample epigenomic studies. J Biotechnol. 2012, 157(1):1-6.

大香蕉网站_大伊人香蕉在线_伊人久久大香蕉网_伊人成综合人网_大香焦